Ведущими принципами модульного обучения являются принципы модульности, структуризации содержания обучения на обособленные элементы.
Принцип модульности предполагает цельность и завершенность, полноту и логичность построения учебного материала в виде уроков - модулей, внутри которых учебный материал структурируется в виде системы учебных элементов. Элементы внутри модуля взаимосвязаны, но они взаимозаменяемы и подвижны. Модульное обучение ориентировано, прежде всего, на активную учебную деятельность детей, освоение приемов которой способствует быстрому и качественному усвоению содержания учебных предметов и развитию у учащихся самопланирования, самоанализа, самоконтроля. Кроме того, изменяются подходы к структурированию учебного материала - акцент делается на выделении ведущих идей, теорий, а не конкретных биологических объектов.
Под модулем мы понимаем целевой, функциональный узел, в котором объединены учебное содержание и способы овладения этим содержанием. Это план учебной деятельности ученика, который составляется учителем.
Модуль в напечатанном виде имеется у каждого ученика классе, в нем указаны цели учебной деятельности школьника на данном уроке, а также учебные задания и методы их выполнения.