В окрестностях селения располагаются большие группы Мекенских курганов, которые внесены в реестр археологических памятников, памятники охраняются государством.
В 1990-е годы в станице Мекенской, как и в других населённых пунктах Наурского района, имели место многочисленные преступления против русскоязычного населения, осуществлявшиеся органами власти самопровозглашённой Чеченской Республики Ичкерия и отдельными вооружёнными преступниками и носившие, ввиду своей целенаправленности, характер этнических чисток (так, в 1997 году правоохранительными органами ЧРИ в Мекенской и других станицах среди русского населения проводились аресты общественных активистов и простых жителей, обвинённых в «сотрудничестве с российскими федеральными властями»)[6].
8 октября 1999 года, во время Второй чеченской войны, за неделю до того, как в Мекенской был установлен контроль федеральных сил[7], 43-летний боевик Ахмед Ибрагимов, являвшийся местным жителем[8], целенаправленно[9]совершил убийство 34 русских жителей станицы, включая женщин, стариков и детей, а также одного турка-месхетинца[10]. Причиной убийства стал отказ одного из жителей рыть окопы[7] (в начале Второй чеченской войны в Мекенской и других станицах Наурского района, а также в других районах Чечни отмечались факты массового привлечения не-чеченского населения боевиками к строительству оборонительных сооружений)[11]. Через несколько дней на станичном сходе Ибрагимова забили до смерти палками и ломами; местный мулла запретил хоронить тело преступника[8]. Впоследствии уголовное дело по факту массового убийства в Мекенской стало одной из составляющих обвинений в нарушении прав русскоязычного населения Чечни, выдвинутых в адрес президента
По некоторым данным, в 2001 году в станице проживало всего 42 русских семьи
В 1990-е годы был разрушен находившийся в станице православный храм
В начале 2011 года в станице была открыта первая за всё время существования данного населённого пункта мечеть, которая стала самой большой мечетью в Наурском районе