После восстановления независимости экономика Эстонии была перестроена в соответствии с рыночными принципами и переориентирована на Западную Европу. 20 июня1992 года Эстония ввела в обращение собственную национальную валюту — эстонскую крону вместо советского рубля. Эстонская крона была привязана к немецкой марке (с обменным курсом 8 крон = 1 марке). Принятие национальной валюты означало, что Банк Эстонии мог выпускать деньги в том случае, если страна имела запас иностранной валюты, эквивалентный стоимости выпущенных эстонских крон. С 1 января 1999 года эстонская крона была привязана к евро, так как Германия начала использовать общеевропейскую валюту. С 1 января 2011 года евро вводится в обращение, полностью заменяя крону
Положительную роль в успехе экономических преобразований в 1991—93 годах сыграли более 285 миллионов долларов иностранной помощи, займов и кредитов, а также то, что Эстония получила более 100 миллионов долларов из средств довоенной республики, замороженных в иностранных банках в 1940 году в связи с присоединением страны к СССР
По показателю ИРЧПООН причисляла страну к группе «развивающихся» вплоть до 2000 года, пока происходило становление рыночной экономики.
Среднемесячная брутто-зарплата в 2008 году составляла 12 912 крон (825 евро), в третьем квартале 2009 года была 11 770 крон (752 евро). Во II квартале 2013 года средняя зарплата в Эстонии составила 976 евро.
За период 2000—2005 гг. ВВП вырос на 60 %. Однако во время мирового экономического кризиса 2008 году он упал на 3,6 %, а в третьем квартале 2009 года падение ВВП составило 15,6 % по сравнению с тем же периодом предыдущего года. В период с 3-го квартала 2009 по 4-й квартал 2010 наблюдался последовательный рост ВВП. Реальный экспорт в 4-м квартале 2010 года вырос на 53 %. В 2010 году рост ВВП составил 3,1 %. Таким образом, в 2010 году эстонская экономика вышла из кризиса
Уровень безработицы снизился с 12 % в 2001 до 4,7 % в 2007 году, но в третьем квартале 2009 года составил уже 14,6 %, а в первом квартале 2010 года поднялся до 19,8 % На 3 июня 2011 года уровень зарегистрированной безработицы в Эстонии снизился до 8,7 % от экономически активного населения Согласно данным Статистического управления Эстонии, в 4-м квартале 2010 года общее число безработных снизилось к 93000, а уровень безработицы — 13,6 %. По снижению уровня безработицы Эстония заняла второе место в ЕС за 2011 год
В начале 2009 года в стране произошёл интенсивный спад промышленного производства. В феврале 2009 он составил 30 % по сравнению с показателями февраля 2008 что стало самым большим снижением в ЕС. По данным Eurostat, рост промышленного производства в Эстонии в сентябре 2010, по сравнению с сентябрем 2009, составил 31,1 %, таким образом, Эстония занимала тогда первое место в Евросоюзе по данному показателю В Эстонии также минимальные госдолг и дефицит госбюджета среди всех стран ЕС, и в 2010 году она была одной из двух стран ЕС (вторая — Мальта), сокративших бюджетный дефицит